Le problème des tests PCR
Déjà à la mi-mars, le SWPRS expliquait que les tests PCR particulièrement sensibles sont susceptibles de produire des résultats faussement positifs et que leur valeur prédictive individuelle peut facilement descendre en dessous de 50 %.
Les problèmes liés aux tests PCR sont nombreux :
- Il peut y avoir une contamination à grande échelle des kits de test, comme les États-Unis et le Royaume-Uni (et plusieurs pays africains) l’ont découvert au cours de la phase initiale de la pandémie.
- Il peut y avoir une contamination des sites de test ou des laboratoires, qui a conduit à d’innombrables résultats faussement positifs, à la fermeture d’écoles, à la mise en quarantaine de maisons de retraite, à l’annulation de manifestations sportives, etc.
- Le test PCR peut réagir à d’autres coronavirus. Selon les examens de laboratoire, cela se produit dans environ 1 à 3 % des cas si un seul gène cible est testé, comme c’est le cas dans de nombreux laboratoires (mais pas tous) et comme l’OMS elle-même l’a recommandé pour éviter les résultats positifs/négatifs ambigus.
- Le test PCR peut détecter des fragments de virus non infectieux plusieurs semaines après une infection active, ou après l’infection d’une personne contact, comme l’a confirmé le CDC américain.
- Le test PCR peut détecter un virus viable en quantités trop faibles pour être infectieux (voir ci-dessous).
Si le virus n’est pas répandu dans une population, s’il n’y a pas de kit de test ou de contamination en laboratoire, et si les laboratoires effectuent des tests pour au moins deux gènes cibles, le risque de résultat faussement positif est faible. C’est la raison pour laquelle, par exemple, la Nouvelle-Zélande n’a parfois eu aucun test PCR positif pendant des semaines malgré des tests fréquents.
Mais s’il y a une vague d’infection en cours, ou s’il y a eu une vague d’infection récente, ou si les laboratoires ne testent qu’une seule séquence de gènes ou luttent contre la contamination, les choses se compliquent.
Un test PCR consiste à amplifier des échantillons par des cycles répétitifs. Plus la concentration du virus dans l’échantillon est faible, plus il faut de cycles pour obtenir un résultat positif. De nombreux laboratoires américains travaillent avec 37 à 40 cycles, tandis que de nombreux laboratoires européens travaillent avec 30 à 40 cycles.
Le groupe de recherche du professeur français Didier Raoult a récemment montré qu’à un seuil de cycle (ct) de 25 , environ 70 % des échantillons restaient positifs en culture cellulaire (c’est-à-dire infectieux) ; à un ct de 30 , 20 % des échantillons restaient positifs ; à un ct de 35 , 3 % des échantillons restaient positifs ; et à un ct supérieur à 35 , aucun échantillon ne restait positif (infectieux) en culture cellulaire (voir le diagramme).
Cela signifie que si une personne obtient un résultat “positif” au test PCR à un seuil de cycle de 35 ou plus (comme c’est le cas dans la plupart des laboratoires américains et dans de nombreux laboratoires européens), le risque que la personne soit infectieuse est inférieur à 3 %. Le risque que la personne reçoive un résultat “faux positif” est de 97 % ou plus.
(Notez que les chiffres exacts dépendent du test et du laboratoire en question, et que si un échantillon était déjà positif à un seuil de cycle inférieur (par exemple 20), les chances d’infectiosité sont beaucoup plus élevées).
Juliet Morrison, virologiste à l’université de Californie, Riverside, a expliqué au New York Times : “Tout test avec un seuil de cycle supérieur à 35 est trop sensible. Je suis choquée que l’on puisse penser que 40 puisse représenter un résultat positif. Un seuil plus raisonnable serait de 30 à 35. “Selon le New York Times, jusqu’à 90% des tests positifs à un seuil de cycle de 40 seraient négatifs à un seuil de 30.
En revanche, un résultat négatif à un seuil de cycle supérieur à 35 n’exclut toujours pas une infection à Covid-19, en raison du problème des faux négatifs (par exemple, un échantillon prélevé de manière incorrecte ou trop tôt). Plus récemment, des chercheurs américains ont découvert que les tests monogéniques étaient faussement négatifs en raison de nouvelles mutations.
Les considérations ci-dessus sont valables au niveau individuel. Au niveau agrégé, si le nombre ajusté de tests PCR positifs augmente soudainement, cela indique certainement une vague d’infection. Le problème est alors que dans de nombreux endroits, les tests PCR ont permis de détecter au maximum 10 % de toutes les infections.
En conclusion, si les tests PCR dans les lieux à haut risque comme les hôpitaux, les maisons de retraite et autres lieux sensibles sont essentiels et incontestés, l’avantage des tests PCR de masse dans la population générale, qui coûtent des milliards aux pays de taille moyenne, peut être un peu plus discutable.
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