Séquençage Illumina Covid-19

Imprimer 🖨

Illumina, Inc. est une société américaine. Constituée le 1er avril 1998, Illumina développe, fabrique et commercialise des systèmes intégrés pour l’analyse des variations génétiques et des fonctions biologiques. La société propose une gamme de produits et de services destinés aux marchés du séquençage, du génotypage et de l’expression génétique, ainsi que de la protéomique. Son siège social est situé à San Diego, en Californie.

Les outils Illumina sont les plus utilisés pour le séquençage du SARS-CoV-2, de son origine à l’étude des variants, c’est un maillon supplémentaire de la panoplie pandémie mondiale.
On y retrouve avec pour actionnaire majoritaires combinés BlackRock, Vanguard et StateStreet à hauteur de 19.36% (soit 14.3 milliards de dollars), les mêmes fonds d’investissements majoritaires des sociétés commercialisant les vaccins Covid et tout ce qui peut graviter autours.

Séquençage du Covid-19

On retrouve dans la plupart des articles scientifiques traitant des caractéristiques du SARS-CoV-2 les outils Illumina :

Virus Isolation from the First Patient with SARS-CoV-2 in Korea [Archive]
- RNA libraries were prepared using TruSeq Stranded Total RNA Kit (catalog No. 20020596; Illumina, San Diego, CA, USA) according to the manufacturer protocol. Sequencing was performed on an Illumina Nextseq 500 platform.
Isolation and Full-Length Genome Characterization of SARS-CoV-2 from COVID-19 Cases in Northern Italy [Archive]
- All the obtained libraries passed quality check and were quantified before being pooled at equimolar concentration and sequenced on Illumina Nano MiSeq 2- by 150-bp paired-end mode following standard procedures.
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate BetaCoV/Wuhan/IPBCAMS-WH-04/2019, complete genome [Archive]
- Sequencing Technology: Illumina
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome [Archive]
- Sequencing Technology: Illumina
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate SARS-CoV-2/human/TUR/IMU-SP-02/2020, complete genome [Archive]
- Sequencing Technology: Illumina
Whole-genome sequencing of SARS-CoV-2 reveals the detection of G614 variant in Pakistan [Archive]
- Sequencing was performed using NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep kit for Illumina (NEW ENGLAND BioLabs Inc., MA, US) and Illumina iSeq 100 instrument (Illumina, San Diego, US).
Reverse-transcribed SARS-CoV-2 RNA can integrate into the genome of cultured human cells and can be expressed in patient-derived tissues [Archive]
- We constructed libraries for HEK293T cell whole-genome sequencing using the Tn5-based Illumina DNA Prep kit (Illumina; 20018704). The whole-genome sequencing libraries or the libraries from Tn5-mediated integration site enrichment after sizing (described above) were subjected to Illumina sequencing.
- The pooled libraries were denatured using the Illumina protocol. The denatured libraries were loaded onto an SP flowcell on an Illumina NovaSeq 6000 and run for 2 × 150 cycles according to the manufacturer’s instructions. Fastq files were generated and demultiplexed with the bcl2fastq Conversion Software (Illumina).
SARS-CoV-2 isolation from the first reported patients in Brazil and establishment of a coordinated task network [Archive]
- The preparation of sequencing libraries for the Illumina platform was carried out with the Nextera XT Kit (Illumina, San Diego, USA) and multiplex testing, using the random two-step PCR amplification product as input, followed the kit’s standard instructions. The libraries were quantified after fluorescence measuring with the Qubit instrument (Thermo Fisher Scientific, Waltham, USA) and loaded on the NextSeq 550 equipment (Illumina) for sequencing with MID 300 paired-end reads (Illumina).
Rapid Genomic Characterization of SARS-CoV-2 by Direct Amplicon-Based Sequencing Through Comparison of MinION and Illumina iSeq100^TM System
- The sequencing-ready libraries were prepared using the Nextera DNA Flex Prep kit (Illumina, United States).
- The resulting libraries were sequenced using the iSeq100^TM system (Illumina, United States).
Rapid, Sensitive, Full-Genome Sequencing of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 [Archive]
- The first is a multiplex PCR panel, followed by sequencing on either the Oxford Nanopore MinION apparatus or an Illumina MiSeq apparatus.
- In addition, we sequenced these amplicons by using the Illumina MiSeq for comparison.

Et une note supplémentaire sur ce dernier point, Oxford Nanopore :

Oxford Nanopore Technologies : Dr. John Milton, Directeur scientifique
John nous a rejoint après avoir travaillé chez Solexa (2001-2006), où, en tant que directeur principal du service R&D, il a conçu et développé la chimie des terminateurs réversibles qui sont au cœur des systèmes de séquençage d’Illumina.
Chez Solexa, comme chez Oxford Nanopore, John a constitué et géré de grandes équipes scientifiques multidisciplinaires dans diverses disciplines techniques. Son travail dans ce domaine a conduit à la mise à l’échelle et à la production des réactifs de séquençage chimique pour le lancement commercial du système de séquençage Solexa, qui a été vendu à Illumina en 2007 pour 650 millions de dollars.

En d’autres termes, Oxford Nanopore est fortement influencé par l’homme qui a contribué au développement des technologies Illumina. Et Illumina semble être la technologie de choix pour le séquençage du SARS-CoV-2.

Pfizer fait déjà une énorme campagne pour une troisième injection sur la base de l’émergence de nouveaux variants, une narrative dont ils ont le contrôle complet.
Les outils de séquençage sont aux mains des mêmes investisseurs, de hauts fonctionnaires tels que Scott Gottlieb peuvent influencer les choix des technologies utilisées pour l’étude et le suivi des épidémies et l’information peut circuler par les médias sur lesquels ils ont la main mise par les mêmes mécanismes.

Scott Gottlieb figure au conseil d’administration de Pfizer et au conseil d’administration d’Illumina.

Scott Gottlieb

Pfizer : Conseil d’administration
Pfizer : Président du comité de réglementation et de conformité
Pfizer : Membre du Comité de la science et de la technologie.
Illumina, Inc : Conseil d’administration
Aetion, Inc : Conseil d’administration
Tempus : Conseil d’administration
American Enterprise Institute : Resident Fellow
U.S. Food & Drug Administration : Commissaire 2017-2019
U.S. Food & Drug Administration : Commissaire adjoint pour les affaires médicales et scientifiques 2005-2007
U.S. Food & Drug Administration : Conseiller principal 2003-2004
T.R. Winston & Company : Directeur général 2013-2017
New Enterprise Associations : Partenaire spécial 2007-2017
Centers for Medicare & Medicaid Services : Conseiller principal 2004
Système de santé Mount Sinai : Membre du conseil d’administration
GlaxoSmithKline : Ancien membre du Product Investment Board
Tolero Pharmaceuticals : Ancien administrateur indépendant
Daiichi Sankyo Inc. Pharmaceutique : Ancien administrateur indépendant
Académie nationale de médecine : Membre
Contributeur régulier sur CNBC et CBS Face the Nation