Les postulats de Koch (1884) sont une méthodologie dépassée qui n’était censée s’appliquer qu’aux bactéries aérobies et aux champignons.
Depuis la crise du Covid, il ressort des critiques de ces postulats statuant qu’ils ne s’appliqueraient pas au SARS-CoV-2 et qu’ils ne permettraient pas d’établir de liens entre ce virus et la maladie qu’il est censé provoquer.

Qu’en est-il vraiment ?

Koch lui-même a abandonné le premier postulat (le micro-organisme doit se trouver en abondance dans tous les organismes atteints de la maladie, mais ne doit pas se trouver dans les organismes sains) lorsqu’il a découvert qu’il était possible d’être un porteur asymptomatique.

Le choléra, la fièvre typhoïde, la polio, l’herpès simplex, le VIH et l’hépatite C peuvent également être découverts chez des porteurs asymptomatiques.

Les virus ont également besoin de cellules hôtes pour se développer, c’est-à-dire qu’ils ne peuvent pas être cultivés en culture pure comme c’est le cas pour les bactéries. Le second postulat de Koch échoue donc pour les virus, des étapes supplémentaires doivent être incluses pour les remplir.
Ce n’est qu’après avoir isolé les virus dans des cultures cellulaires qu’on peut les isoler à partir des plaques qui en résultent.

Les virologues modernes n’utilisent pas les anciens postulats de Koch, mais une version moderne qui s’applique à la virologie.

D’autres variations des postulats ont été proposées, comme celui de Thomas M. River en 1937, affilié au Rockefeller Institute for Medical Research de New York.

Les postulats de River ont 6 critères à remplir, ils sont à prendre dans le contexte de cette époque, où les virus étaient considérés comme des toxines et non comme du matériel génétique, la définition d’un virus a été modifiée après 1954.

L’un des postulats stipule que :
L’agent viral obtenu à partir de l’hôte infecté doit –
Produire la maladie spécifique chez un hôte sain approprié,
et/ou
Fournir la preuve de l’infection en induisant la formation d’anticorps spécifiques à cet agent.

C’est le changement le plus important de cette époque, il stipule qu’une personne saine peut contracter la maladie, rester asymptomatique, et que le développement d’anticorps spécifiques est un signe de sa propre infection.
Ces postulats sont spécifiquement conçus pour tenir compte du fait que le germe ne causera pas toujours la maladie (voire jamais), mais pour donner un fondement scientifique aux campagnes de vaccination de l’époque, dans lesquelles l’Institut Rockefeller pour la recherche médicale a joué un rôle important.
Ces postulats sont toujours utilisés aujourd’hui, car l’utilisation des vaccins est restée la même après 1954 malgré le changement de paradigme de la virologie.

Il y a aussi les postulats de Falkow (1988), selon lesquels un germe (E.Coli dans cette situation) est pathogène en fonction de sa souche.
Pendant des décennies, l’E.coli a été tenu pour responsable de dizaines de milliers de cas d’intoxication alimentaire entraînant de graves vomissements et/ou diarrhées, et quelques décès. Cependant, vers 1985, alors que de plus en plus de microbiologistes observaient que l’E.coli était un élément naturel utile et inoffensif de la digestion intestinale, la médecine et les agences de santé ont détourné l’attention de leur accusation générale de l’E.coli vers un monstre nouvellement créé, l’E.coli 0157:H7.

On peut également citer les postulats de Fredricks et Relman (1996), l’un des premiers à établir un postulat reposant principalement sur le recours à la technologie génétique, sur la base de la séquence d’acide nucléique appartenant à un pathogène putatif.
Nous pouvons l’appeler un postulat de formes de preuves basées sur la séquence pour la causalité microbienne.

Ces modifications sont encore controversées dans la mesure où elles ne tiennent pas bien compte de certaines associations de maladies, comme le papillomavirus et le cancer du col de l’utérus, ni des maladies à prions, qui n’ont pas de séquences d’acides nucléiques propres.

Il y a donc eu de nombreuses révisions des postulats initiaux de Koch, et aujourd’hui encore, nous ne pouvons pas établir clairement un modèle unique pour caractériser un germe spécifique comme étant la cause d’une maladie.

Les postulats de Koch les plus modernes comprennent également les postulats de Koch métagénomiques.
La métagénomique est l’étude du matériel génétique récupéré directement à partir d’échantillons environnementaux, qui permettent d’interpréter la biodiversité microbienne et d’en comprendre la fonction.
Les traits métagénomiques sont des caractéristiques des organismes liées à leurs performances. Ils sont mesurés au niveau génomique à partir d’un échantillon d’individus. En tant que tels, ces traits fournissent des informations précieuses pour découvrir les modèles écologiques des micro-organismes.

Contrairement aux postulats de Koch originaux et aux postulats de Koch moléculaires formulés par Falkow (1988), les postulats de Koch métagénomiques se concentrent sur l’identification des traits métagénomiques dans les cas de maladies.
Il n’est pas nécessaire d’isoler l’agent pathogène dans une culture tissulaire ou un milieu de culture pur, contrairement aux postulats de Koch originaux.

Un échantillon est prélevé sur un patient et le matériel génétique est séquencé et classé entièrement, ce qui nécessite beaucoup de ressources informatiques, d’où sa relative nouveauté.
Les scientifiques travaillent ensuite sur le matériel génétique afin d’identifier des modèles entre les malades et les patients sains.
Les postulats de Koch métagénomiques sont en fait des postulats de Koch entièrement générés par ordinateur grâce aux technologies les plus modernes.
Ils sont également utilisés pour identifier rapidement de “nouveaux agents pathogènes “, et même comme outil de diagnostic.
Les virologues modernes affirment qu’ils seront désormais capables d’identifier de nouveaux virus avant même qu’ils ne provoquent une maladie !

Les perspectives d’avenir en virologie semblent être que, l’approche métagénomique va générer une pléthore d’informations génétiques provenant d’agents inconnus et potentiellement infectieux, dont certains pourraient être associés à des maladies humaines. La découverte des virus commencera à précéder la caractérisation des maladies qu’ils provoquent, bien avant que la pathogénicité de ces agents soit définie.

La métagénomique et les perspectives futures de la découverte de virus. sci-hub.do/10.1016/j.coviro.2011.12.004

Potentiellement, tout virus présent dans les échantillons, qu’il soit cultivable ou non, connu ou nouveau, peut être facilement détecté grâce à l’approche métagénomique virale.

Ce qui est intéressant avec les postulats de Koch métagénomique est l’interprétation des traits métagénomiques et la prise en compte du biome viral et de son interaction au biome bactérien qui est une découverte assez récente en biologie.

En se concentrant sur les modèles de personnes malades plutôt que sur les facteurs uniques d’un germe, les virologues commencent maintenant à se concentrer sur l’ensemble du terrain de l’individu plutôt que sur un germe spécifique causant la maladie.

Au fil des ans, les postulats de Koch ont été continuellement reformulés pour intégrer les dernières découvertes scientifiques et technologies. Les techniques moléculaires modernes ont démontré que les membres actuels ou antérieurs d’une communauté microbienne peuvent influer sur l’issue de la maladie, ce qui donne une vision nuancée de la causalité stricte telle que proposée à l’origine par Koch.

On peut également noter les postulats de Byrd et Segre (2016), qui prennent en compte d’autres facteurs comme les protecteurs microbiens.
(A)Selon les postulats originaux de Koch, un organisme pathogène dans un hôte va induire une maladie.
(B)Ce postulat est remis en cause lorsqu’un organisme est présent et peut protéger contre l’agent pathogène.
(C) Dans certains cas, des consortiums de microbes peuvent avoir un effet protecteur encore plus grand.

En gros, cela pourrait signifier que le terrain est plus important que le germe lui-même, car si un germe devient prédominant, c’est le signe d’une maladie, mais si le même germe est présent avec d’autres germes sans être prédominant, on n’observera pas de maladies.

Ainsi, lorsque nous parlons des postulats de Koch de nos jours, nous ne parlons pas seulement des premiers postulats de Koch, mais de toute une série de procédures établies pour déterminer la causalité potentielle d’un germe dans les maladies.
Il s’agit là d’une discipline médicale en constante évolution qui change de forme au gré des découvertes et de la disponibilité de nouvelles technologies, de la réfutation d’anciennes procédures qui ne correspondent pas aux nouveaux modèles de maladies et d’une nouvelle et meilleure compréhension de l’écosystème et du biome complexes que constitue le corps humain.

À partir de tous ces différents postulats “de Koch”, nous pouvons clairement voir que la théorie des germes n’est pas un modèle monolithique fixe, mais quelque chose qui évolue au fur et à mesure de l’évolution de la compréhension de la biologie et de la vie.

Les postulats de Koch originaux sont toujours mentionnés pour expliquer la difficulté d’établir un lien entre un germe et la cause d’une maladie dans une perspective historique. Leur but original est d’ailleurs d’apporter une méthode scientifique pour démontrer la théorie des germes.
La virologie moderne inclut toujours plus de techniques et de procédures dans ces différents postulats afin de rester en phase avec la théorie des germes, mais à chaque fois qu’elle le fait, elle prend de plus en plus en compte l’ensemble de l’écosystème microbien des êtres vivants dans les processus pathologiques, et se rapproche de plus en plus du modèle de la théorie du terrain de la maladie, qui stipule que la maladie apparaît dans un milieu spécifique, que les germes dits pathogènes viennent de l’intérieur du corps, et non de l’extérieur, et qu’ils ne sont pas la cause de la maladie mais des assistants qui aident au processus de guérison.